امام خمینی درباره درخواست مالی شورای مدیریت حوزه می گوید: من با این تشریفات مخالفم، و برای حوزه علمیه مضر میدانم.
روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود به قلم مسیح مهاجری از بودجه های دولتی برای حوزه های علمیه انتقاد کرده و پیشنهاداتی را مطرح کرد.