زخم زمانی بروز میکند که اسید معده که مسئول هضم غذاست به دیواره معده آسیب وارد میکند. اصلیترین دلیل بروز این حالت نیز ابتلا به عفونتهای باکتریایی به ویژه هلیکوباکتر است. دلیل دیگر زخم معده استفاده بلند مدت از داروهای ضدالتهاب غیراستروئیدی است.