رئیس دولت اصلاحات در دیدار جمعی از خیراندیشان مطلع و علاقه مند به مسائل سیستان و بلوچستان گفت: ایران عزیز که در طول تاریخ، تندبادهای سهمگینی را از سر گذرانده است و افتان و خیزان تاریخ پردرد و رنج و البته افتخارآمیز خود را رقم زده است این روزها حال خوشی ندارد.
حجت الاسلام و المسلمین سیدمحمد خاتمی در پیامی در پی وقوع حادثهٔ تروریستی در شیراز، ضمن محکوم کردن خشونت به هر شکل، با بازماندگان قربانیان خشونت در شیراز و تهران و زاهدان و مازندران و کردستان و جایجای میهن ابراز همدردی و تأکید کرد خشونت را با خشونت نمیتوان پاسخ داد.
سیدمحمد خاتمی در شمایل رییس دولت اصلاحات اجازه راهاندازی گشت ارشاد را صادر نکرد و در برابر خواست این گروه ایستاد.
سید محمد خاتمی نوشت: بیش از این زمینه مشوه شدن چهره اسلام و نظام را فراهم نیاورید و با پدیدآورندگان این حوادث برخورد مناسب صورت گیرد.
یکی از ویژگیهای کتاب مقدمهای است که سید محمد خاتمی رئیسجمهور اسبق ایران بر آن نوشته است این کتاب سزاوار خواندن عمیق است.
سید محمد خاتمی با صدور پیامی خطاب به هادی خانیکی درگذشت برادر او را تسلیت گفت.
شبکه بی بی سی جهانی در خبری مدعی شده است که آقای خاتمی تحت تاثیر یکی از شخصیتهای پاکستانی، در فرودگاه تهران، خبر اهانت سلمان رشدی به پیامبر را به امام رسانده و امام فتوای مشهور خودشان را داده اند.
حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی در پیامی جان باختن علی محفوظی را تسلیت گفت.