«تندروها» در یزد در میانه سخنان مسیح مهاجری، با فریاد زدن حرمت این مراسم را نگه نداشتند و باعث شدند سخنران مراسم مجبور شود سخنان خود را نیمه کاره رها کند و از منبر مسجد حظیره پایین بیاید!
روزنامه کیهان نوشت؛ مسیح مهاجری در نشستی به مناسبت سالگرد شهادت آیت الله دکتر بهشتی در کانون توحید گفته است اگر بهشتی زنده بود الان در حصر قرار می گرفت
مسیح مهاجری گفت: اگر شهید بهشتی امروز در میان ما بود، در حصر بود برای اینکه مسائلی را که در کشور وجود دارد، برنمی تابید.
مسیح مهاجری از رئیس دولت پرسید، اگر واقعاً مشکلات کنونی را قاچاقچیها به وجود آوردهاند، چگونه است که این حاکمیت یکدست با در اختیار داشتن تمام ابزارها نمیتواند جلوی قاچاق را بگیرد؟
کیهان با حمله به مسیح مهاجری مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی که خواستار تثبیت قیمت نان شده بود نوشت: روزنامه «جمهوری اسلامی» در سرمقالهای که مورد استقبال رسانههای بیگانه از جمله صدای آمریکا و... قرار گرفته، مینویسد «نان، حتی در دوران جنگ تحمیلی هم گران نشد.
حجت الاسلام و المسلمین مسیح مهاجری مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: با مشاهده تصمیمات عجیب و غریب در بدنه دولت، احساس خطر جدی نموده و از روی خیرخواهی این خطر را به دولتمردان اعلام میکنیم.
مسعود دهنمکی به انتقاد اخیر روزنامه جمهوری اسلامی از او واکنش تندی نشان داد.
مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: اگر درباره فایل صوتی پرسروصدائی که در روزهای اخیر نقل تمام محافل شده و هر روز بیشتر و بیشتر مطرح میشود بخواهیم نظری واقعبینانه بدهیم باید بگوئیم بهترین راه اینست که مطالب مطرحشده در آن توسط دستگاههای نظارتی و قضائی مورد بررسی قرار بگیرند و با شفافیت کامل به تمام جزئیات آن رسیدگی شود و نتیجه بررسیها و رسیدگیها نیز بدون هیچ ابهامی به اطلاع مردم برسد.